V České republice má kroužkování ptáků dlouholetou tradici. Již v roce 1910, pouhý rok poté, kdy začaly v Evropě organizovat kroužkování ptáků první ornitologické centrály v Anglii a Německu, byla zřízena zásluhou Kurta Loose a dr. K. Richtera kroužkovací stanice v rámci přírodovědného spolku Lotos v Liběchově u Mělníka (tehdy Liboch). Byla činná až do roku 1938. I když počty kroužkovaných ptáků v jednotlivých letech nebyly vysoké, dosáhla tato stanice na svou dobu pozoruhodných výsledků u řady druhů ptáků, např. u špačka obecného, drozda zpěvného, racka chechtavého a zvláště u kachen, které byly s úspěchem chytány v kačenárně v Lednici na jižní Moravě. Od roku 1934 začala v rámci Československé ornitologické společnosti rozvíjet činnost i kroužkovací stanice pod vedením dr. Josefa Jirsíka. Od samého počátku měla stanice úzký vztah s Přírodovědeckým oddělením Národního muzea v Praze, proto také od počátku kroužkování u nás všechny kroužky nesly nápis N. MUSEUM PRAHA.

V roce 1936 začal úzce spolupracovat s dr. Jirsíkem ing. Otta Kadlec, který se ujal výroby ornitologických kroužků a záhy převzal i vedení kroužkovací stanice. Shromáždil kolem sebe skupinu nadšených mladých ornitologů, s jejichž pomocí zajišťoval celou výrobu kroužků, která dosahovala v 50. letech až 70 tisíc kroužků ročně.

Vzhledem k mezinárodnímu významu kroužkovací stanice s rozsáhlou výměnou informací představitelé československé zoologie usilovali, aby byla v Československu zřízena kroužkovací stanice jako vědecké pracoviště, podobně jako v řadě jiných evropských států. Snaha byla korunována úspěchem v roce 1964, kdy se kroužkovací stanice stala součástí zoologického oddělení Národního muzea v Praze.

Dnes o padesát let později je kroužkovací stanice stále součástí Národního muzea a organizuje kroužkovací činnost v úzké spolupráci se Společností spolupracovníků Kroužkovací stanice Národního muzea.

V současné době je registrováno 480 spolupracovníků, kteří ročně okroužkují kolem 175 000 ptáků.